Manualní Mód je ta realističtější verze Space Engineers (při porovnání s Kreativním Módem). V tomto módu hráči musí sbírat suroviny a vyrábět z nich materiály. Bloky se postupně stavějí vrstva po vrstvě, přičemž na každou vrstvu jsou potřeba určité prostředky z hráčova inventáře. Právě různé typy prostředků by mohly vytvářet různé typy bloků^[1]. Manuální Mód zatím není možné spustit, nicméně v menu jeho možnost je.